Quer necessite de carregar os autocarros no terminal ou em movimento, as modernas células de liga de níquel-manganês-cobalto (NMC) utilizadas pela Mercedes-Benz são igualmente estáveis para ambas as opções. Seis, oito, dez ou doze conjuntos de bateria podem atualmente ser integrados e distribuídos pelo tejadilho e pela secção traseira do eCitaro.

Com uma capacidade máxima da bateria de 292 kWh (NMC Nível 1), o autocarro integral atinge uma autonomia de até 200 quilómetros enquanto o autocarro articulado atinge até 180 quilómetros com uma capacidade total de armazenamento de 396 kWh (NMC Nível 2).

Com menos conjuntos de bateria, a capacidade de passageiros aumenta – se for pretendida uma maior autonomia, pode ser obtida utilizando o carregador intermédio de 300 kW e o pantógrafo se necessário. No futuro, também será possível aumentar a autonomia através das calhas de carregamento. Com a próxima geração das baterias NMC (Nível 2), a autonomia irá aumentar novamente. Também está disponível uma atualização opcional da bateria do eCitaro.

A bateria NMC3 foi concebida para aplicações totalmente elétricas de longa distância, tais como autocarros ou camiões, e, com 176 Wh por kg, tem uma elevada densidade energética nominal. A capacidade de armazenamento nominal por unidade é de 98 kWh (taxa de descarregamento 0,2 C). O sistema de bateria é principalmente adequado para o Low Performance Charging (LPC); no entanto, em determinadas circunstâncias, pode ser utilizado também para o High Performance Charging (HPC).