A caixa modular permite no eCitaro fuel cell diferentes combinações de baterias e depósitos de hidrogénio - e assim a configuração adequada para cada necessidade. O autocarro padrão está disponível com cinco depósitos de hidrogénio com um volume total de 25 kg H2, bem como três módulos de bateria com um conteúdo energético de 294 kWh. A Mercedes-Benz equipa o autocarro articulado, opcionalmente, com seis ou sete depósitos de hidrogénio com uma capacidade total de 30 ou 35 kg, bem como três ou quatro módulos da bateria com um conteúdo energético máximo de 392 kWh. O sistema de hidrogénio foi concebido para uma pressão de 350 bar. No caso do autocarro não articulado, o módulo de células de combustível encontra-se no tejadilho, pouco depois do eixo dianteiro, no caso do autocarro articulado, à frente, no tejadilho da parte traseira. Também os depósitos de hidrogénio do tipo 4, reforçados com fibra de carbono, com uma capacidade de cinco quilos cada, encontram-se no teto. São leves e resistentes e certificadas de acordo com a norma ECE R 134.