Debido a su gran espacio interior, las enormes superficies de las ventanillas y la apertura frecuente de las puertas, la climatización de un autobús urbano consume gran cantidad de energía. Por su alto grado de eficiencia, los motores eléctricos no desprenden calor reutilizable durante el funcionamiento, y esto hace que el consumo total de energía de un autobús 100 % eléctrico prácticamente se duplique, especialmente durante las estaciones de calor.
Este elevado consumo de energía adicional afecta directamente a la autonomía del vehículo. La sofisticada e inteligente gestión térmica del eCitaro minimiza el consumo de energía y garantiza la máxima autonomía. Durante la propia carga en el depósito, es posible preacondicionar el espacio interior a la temperatura deseada. La climatización del compartimento de pasajeros se realiza mediante un climatizador de techo de serie dotado de una bomba de calor de bajo consumo.
Para ahorrar energía, el compartimento de pasajeros del eCitaro se calienta mediante una bomba de calor de CO₂ optimizada que ahora se conecta al circuito de agua. Con este diseño, se reduce el consumo de energía de los calentadores de pared lateral eléctricos con ventilador, a la vez que se aumenta la autonomía durante el invierno. El también conocido módulo delantero dispone de un doble intercambiador de calor. Opcionalmente, puede usarse una calefacción auxiliar de combustible. Un aspecto especialmente innovador es el atemperamiento automatizado del espacio interior en función de la temperatura exterior, disponible en las líneas Eco y Confort y que permite aumentar la eficiencia en hasta un 40 por ciento.