Kvůli velkému vnitřnímu prostoru, obrovským okenním plochám a častému otvírání dveří je temperování interiéru městského autobusu energeticky velice náročné. Protože díky vysoké účinnosti elektromotoru nevzniká žádné využitelné odpadní teplo, může se především v topné sezóně celková spotřeba energie u autobusu s čistě elektrickým pohonem téměř zdvojnásobit.
Tato vysoká vedlejší spotřeba energie má výrazný dopad na akční rádius autobusu. Promyšlený inteligentní termomanagement vozidla eCitaro proto minimalizuje spotřebu energie, a zajišťuje tak maximální dojezd. Již během nabíjení v depu lze uvnitř předehřát vzduch na požadovanou teplotu. Chlazení prostoru pro cestující zajišťuje střešní klimatizace s energeticky úsporným tepelným čerpadlem obsažená již v sériové výbavě.
Prostor pro cestující autobusu eCitaro má díky optimalizovanému tepelnému čerpadlu CO2 energeticky úsporné vytápění, které je nyní napojeno na oběh vody. Snižuje se tak spotřeba energie elektrického vyhřívání bočních stěn s dmychadlem, a zároveň stoupá dojezdová vzdálenost v zimní sezóně. Dvojitý tepelný výměník má rovněž známý čelní box. Doplňkově lze použít palivem poháněné přídavné topení. Naprostou inovací je temperování interiéru v závislosti na venkovní teplotě. Je možné si vybrat buď program Eco nebo Komfort. Lze přitom dosáhnout zvýšení efektivity až o 40 procent.